این مرکز توسط بانی خیر مرحوم حاج محمد مهدی ابراهیمی دریانی در سال 1336 تاسیس و وقف گردید و از شهریور سال 1364 به نام شهید هاشمی نژاد تغییر نام یافت، و از آن زمان این مرکز به عنوان مرکز کشوری درمان بیماری های کلیوی تحت پوشش دانشگاه علوم پزشکی ایران مشغول خدمت رسانی به جامعه می باشد.این بیمارستان اولین و بزرگترین مرکز همودیالیز و پیوند کلیه در کشور به شکل مستمر بوده است و بیش از 30 سال است که به تربیت ارولوژیست و نفرولوژیست اشتغال دارد. مرکز فوق تخصصی شهید هاشمی نژاد مرکزی آموزشی- درمانی بوده که از سال 1381 با تغییر در سیستم مدیریتی به مسیر تعالی قدم گذارده است که سبب تحول همه جانبه در آن گردیده است.
همزمان با تغییر ریاست مرکز فوق تخصصی شهید هاشمی نژاد در سال 1381، فکر تشکیل هیات امنای متشکل از افراد با تجربه و خبره ی مدیریت به منظور حمایت و پشتیبانی از اهداف ترسیم شده، قوت گرفت و با پیشنهاد رئیس بیمارستان و ابلاغ ریاست محترم دانشگاه، هیات امناء موقت، رسمیت یافت و اولین جلسه ی آن در تاریخ 20 آذر ماه سال 81 تشکیل شد.
هیات امنا در اولین تصمیمات خود، با همیاری و مساعدت مالی و معنوی اعضاء، با ساخت یک بخش بستری غیر دولتی در یکی از فضاهای بلااستفاده ی بیمارستان شهید هاشمی نژاد به منظور بستری و درمان سه گروه زیر از بیماران موافقت نمود:
1. بیماران دارای بیمه های مکمل.
2. بیمارانی که با تمایل و هزینه خود، متقاضی درمان در خارج از چرخه ی آموزش می باشند.
3. گردشگران سلامت.
