بیمارستان فارابی اصفهان در بهمن ماه سال 1356 تحت عنوان بيمارستان نهم آبان و با بخشهاي روانپزشكي زنان و مردان و مركز نگهداري معتادين فعاليت خود را آغاز نمود. سپس در سال 1358 بخش سل راه اندازی و اندكي بعد از آن بخش ارولوژي، ارتوپدي و فك و صورت به اين مجموعه افزوده شد.
پس از انقلاب شکوهمند اسلامی، نام بیمارستان از "نهم آبان" به "فارابی" تغییر یافت و همزمان با آغاز جنگ تحميلي بخشي به نام بخش شهيد رجائي (بخش مجروحين ) به همين منظور راه اندازي گردید.
در سال 1370 بخش چشم پزشكي زنان و مردان مرکز همراه با چهار اتاق عمل الكتيو و درمانگاه تخصصي چشم جهت ارائه خدمات افتتاح شد و در سال 1394 این بیمارستان با هدف تبدیل شدن به یک بیمارستان جنرال و داشتن حداقل تخصص های چهارگانه و ایجاد سایر بخش های تخصصی با تغییر کاربری به مجتمع تخصصی و فوق تخصصی فارابی تغییر نام داد.
مرکز تخصصی و فوق تخصصی فارابی که در سالهای گذشته، از نظر کسب شرایط استاندارد وزارت بهداشت و درمان، همواره به عنوان بیمارستان درجه یک شناخته شده است، درحال حاضر در این مجتمع 6 بخش روانپزشكي زنان و مردان (حاد و ويژه)، بخش های داخلی، جراحی، چشم، شیمی درمانی، دیالیز، اورژانس روانپزشکی، اورژانس رفع آلودگی، اورژانس عمومی می باشد.
واحدهای پاراکلینیک آزمایشگاه، بانک خون، رادیولوژی و سونوگرافی، سی تی اسکن و داروخانه و خدمات چشم پزشکی همچون OTC ،لیزر ،بیومتری و پریمتری در حال ارایه خدمات شبانه روزی به آحاد جامعه می باشند.
کلینیک های روانپزشکی، داخلی، چشم، زنان، اطفال، ارتوپدی،جراح عمومی و مغز و اعصاب و دندانپزشكی در دو نوبت صبح و عصر ( طبق برنامه) پذیرای مراجعین مجتمع می باشند.
سایر واحدهای فعال در این مجتمع بهبود کیفیت، کنترل عفونت، بهداشت محیط، تغذیه و آشپزخانه، مددکاری،حسابداری و درآمد، پذیرش، صندوق،درآمد،مدیریت اطلاعات سلامت، فناوری اطلاعات،مهندسی پزشکی،امور فنی و نگهداشت،روابط عمومی،حراست، انبار، CRS، لندری می باشند.
این مجتمع درنظر دارد در سال های آتی بخشهای بلوک زایمان و LDR،بخش زنان، بخش اطفال، قلب و ارتوپدی، کلینیک ویژه و مرکز تشخیص و غربالگری سرطان، ICU ، CCU، NICU را راه اندازی نماید.
با توجه به گسترش صنایع شیمیایی و هسته ای در شهرهای صنعتی از جمله شهر اصفهان ، وجود اورژانس هسته ای در هنگام بروز حوادث بسیار ضروری است. این مرکز توانسته است مرکزی تخصصی رفع آلودگی شیمیایی و هسته ای برای اصفهان و استان های همجوار راه اندازی نماید و قادر است افرادی که به هر دلیل به این مواد آلوده شده اند بطور تخصصی آلودگی زدایی نمایند. این مجتمع با مساحت عرصه و مساحت اعیان و مساحت فضای سبز بیمارستان می باشد.
