درسال (۱۲۸۲)، بازرگانی به نام امین الشریعه باغ جو کاری شده‌‌‌ای به بزرگی یازده هزار متر در کوی تبریزیها (عباس آباد) را خریداری نمود،تا بیمارستان جلفا بدانجا آورده شود. دکتر دونالد کار، بانو مری بِرد و اسقف تامسون این جابجایی را به سرانجام رساندند و نام آنرا بیمارستان مسیحی (Christian hospital) گذاشتند.
ساختمان نخستین بیمارستان دربر گیرنده یک بخش زنان، یک سالن کوچک و یک آشپزخانه و رختشوخانه ساده بود. درب وروری بیمارستان در نبش کوچه پارس بود که به یک هشتی باز می‌شد. سپس راه شرقی به بخش مردان و راه جنوبی به حیاط باز می‌شد. در سالهای بعد کنار هشتی درمانگاه چشم‌پزشکی ساخته شد و دکتر غلامحسین فروغی به درخواست بنیاد کریستوفل چشم‌پزشکی بیمارستان را راه‌اندازی کرد. نمونه‌ای دیگر از دشواری آن روزگار این بوده که دکتر کار خودش از بوشهر دستگاه پرتونگاری ایکس را بر بار شتر نهاده و به اصفهان آورد.
در سال ۱۲۸۴ خورشیدی با راه‌اندازی بخش زنان در بال جنوبی و کنار خیابان عباس‌آباد گسترش یافت و دوبخشه شد (بیمارستان مردان و بیمارستان زنان).
در آن زمان بیمارستان دارای دو ساختمان دو طبقه در سوی شمالی، دو سالن و دو اتاق کوچک شد و در بقیه زمین یک زیست بوم سرسبز درخت و گل‌کاری شد.
پهنهٔ بیمارستان نزدیک ۱۱ هزار مترمربع و زیر ساخت آن ۷۵۰۰ متر مربع و بقیه فضای سبز و دو خانه بود (خانه دکتر پانت و دکتر کار).علی همدانيان، حسین هراتي، اشراقي، كاشفي، محمدجعفر كازروني، اصغر ميرزا، و صارم‌الدوله نیز به این جنبش نیکوکاری پیوستند. پزشکان، ماماها و پرستارانی همچون میس میلز، میس برگ، میس هِن از کشورهای گوناگونی مانند انگلیس، کانادا، آلمان، و استرالیا در این بیمارستان به درمان بیماران می‌پرداخته‌اند.
خیابان شمس آبادی در آن سالها کوچه باغی باریک و کالسکه رو بود که در روند پهن‌سازی و آسفالت نمودن آن نمای شرقی بیمارستان که بـَرِ خیابان شمس آبادی بود درون خیابان افتاد و به دستور شهرداری ویران شد. سپس ساختمان نویی به جای آن ساختند و دو بخش مردان و زنان را به هم پیوستند که امروزه در میان آن دو درب اصلی و راهروی ورودی بیمارستان ساخته شده است. سوی دیگر خیابان عباس‌آباد زایشگاهی بود که بعدها بخش درمان کچلی با رادیوتراپی به آن افزوده شد و زایشگاه به بیمارستان آورده شد.این بیمارستان نیز در زمان راه‌اندازی‌اش پیشرفته‌ترین بیمارستان شهر اصفهان شناخته می‌شد.
بُرمانگری (عمل جراحی) برای نخستین بار در بیمارستان بُغوزخانیان و سپس بیمارستان مسیحی انجام شده است. پزشکان، ماماها و پرستاران از کشورهای گوناگونی مانند انگلیس، کانادا، آلمان، و استرالیا در این بیمارستان به درمان بیماران می‌پرداختند. دکتر شافتر که استاد کالج پزشکی لندن بود دستیاران (رزیدنتها) یی را از انگلیس به این بیمارستان می‌آورد تا زیر دیدبانی خودش، دکتر پانت (Dr. Ponte) و دکتر آندرانیک میناسکان (متخصص زنان که مسیحیِ ارمنی بود) آموزش ببینند.
از زمان جمهوری اسلامی دانشگاه علوم پزشکی اصفهان کوشش نمود تا بیمارستان را سرپا نگه دارد و آن را پا به پای دانش جهانی روزآمد سازد. در این راستا پزشکان، پرستاران و کارکنان بومی و ایرانی آنچه در توان داشتند به کار بستند و هر یک بار سنگین خودگردانی بیمارستان را به پیش بردند.
دانشگاه علوم پزشکی اصفهان افزون بر به دوش کشیدن بار سنگین دستمزدها و کارانهٔ کارکنان و پزشکان، در بازسازی، نوسازی و گسترش ساختار فیزیکی بیمارستان؛ و همچنین خرید دستگاهها و ابزارهای نوین، برای بهبود کیفیت خدمات درمانی کوشش کرده است. دانشگاه و نیروهای سازمانی‌اش در این سالها بخش‌هایی به بیمارستان افزوده‌اند.
